يتنوع الاستثمار المالي للأوقاف  بين الشركات التي تعتبر الهيئة من ضمن المؤسسين بها أو المساهمين فيها بإجمالي 19 شركة وبنكا.
أسهمت هيئة الأوقاف في تأسيس بنك فيصل الإسلامي بقيمة 650494864.8 جنيها بعدد أسهم بلغ 6534000 سهما، وبنك التعمير والإسكان بقيمة 199422314 جنيها، وبعدد أسهم 14461832 سهما، وشركة الدلتا للسكر بقيمة 85760155.50 جنيها، وبعدد أسهم 11510494، وتمتلك حصة في شركه التعمير للتمويل العقاري بقيمة 26915380 جنيها وبعدد أسهم بلغ 2691538 سهم
وتمتلك الأوقاف حصة في شركه سمنود للنسيج والوبريات 14927500 جنيها بعدد أسهم 21325 سهما، وكذلك حصة في شركه مصر للتعمير بقيمة 15000000 جنيها وتمثل 150000 سهم
واشترت الهيئة 120 ألف سهما بشركة التعمير لخدمات التسجيل العقاري بقيمة 1.2 مليون جنيها، وكذلك حصة من شركة إسكان لتأمين بقيمة 6.6 مليون جنيها وبإجمالي 660 ألف سهما، واشترت حصة بالمجموعة الوطنية للاستثمارات الأوقاف “المحمودية السابقة” بقيمة 307505410جنيها وبإجمالي أسهم بلغ 300005410 سهما، وأسهمت كذلك في تأسيس الشركة الإسلامية للثروة الحيوانية بـ 3896 سهما بقيمة 389600 جنيها .
وهناك عدد من الشركات التي تعد الأوقاف من ضمن المساهمين فيها تتمثل في شركة الصناعات الكيماوية “كيما” بإجمالي 13579831 سهم، وبقيمة 67899155جنيها، والشركة المصرية للاتصالات بواقع 19915 سهم، بقيمة 294742 جنيها، وشركة الخزف والصيني بـ 2363 سهما بقيمة 8270.50 جنيها.
وكذلك تمتلك الأوقاف حصة في شركة السويس للأسمنت بإجمالي 264 سهما بقيمة 1320 جنيها، وشركة الحديد والصلب بقيمة 903750 جنيها، بإجمالي عدد أسهم يصل إلى 112500 سهما، وشركة بوليفارا للغزل والنسيج بقيمة 161500جنيها، بعدد أسهم يصل إلى 32300 سهم، والشركة المصرية لصناعة الورق “راكتا” بقيمة 281250 جنيها، وبعدد أسهم يصل إلى 56250 سهم.
وتمتلك الأوقاف أيضا 700 سهما في الشركة القومية للاسمنت بقيمة 1400 جنيها، وشركة أدفينا للأغذية المحفوظة بقيمة 22720 جنيها بإجمالي 5680 سهما.
وتمتلك هيئة الأوقاف المصرية بمدينة الأقصر فندق الأقصر وقامت هيئة الأوقاف المصرية في 2/7/2001 بشراء مصانع الشركة العربية للسجاد والمفروشات بدمنهور مصانع سجاد دمنهور بمبلغ 50 مليون جنيها.